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全轉(zhuǎn)錄組測序
背景介紹
表觀基因組學(xué)修飾可以通過調(diào)控基因表達(dá)，參與細(xì)胞和組織分化、發(fā)育、衰老、環(huán)境適應(yīng)等一系列過程。大量的研究表明，表觀遺傳修飾的異常也會引起細(xì)胞、組織、器官，乃至整個機(jī)體的結(jié)構(gòu)和功能改變，甚至導(dǎo)致疾病的發(fā)生，尤其是 DNA 甲基化（DNA methylation）變化會伴隨著許多復(fù)雜疾?。ㄈ缒[瘤、精神類疾病、心血管疾病等）的早期發(fā)生到后期發(fā)展，并可作為臨床疾病全過程管理（包括早期診斷、個性化醫(yī)療、復(fù)發(fā)檢測、慢性疾病的風(fēng)險評估等）的生物標(biāo)志物。因此，對DNA甲基化的深入研究有助于了解疾病發(fā)病機(jī)制，發(fā)現(xiàn)疾病相關(guān)的分子標(biāo)志物，為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展奠定基礎(chǔ)。
DNA甲基化與腫瘤風(fēng)險預(yù)測
產(chǎn)品簡介
全基因組甲基化測序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是將重亞硫酸鹽處理方法和 Illumina 高通量測序平臺相結(jié)合，進(jìn)行全基因組范圍內(nèi)的精確甲基化研究。WGBS 可以達(dá)到單堿基分辨率，精確分析每一個胞嘧啶的甲基化狀態(tài)，從而構(gòu)建精細(xì)的全基因組 DNA 甲基化圖譜。
技術(shù)路線圖
技術(shù)原理
提取后的DNA經(jīng)酶切、富集后，利用重亞硫酸鹽進(jìn)行處理，其原理是正常的胞嘧啶（C）經(jīng)重亞硫酸鹽處理后會形成尿嘧啶（U）,在后期PCR時會形成胸腺嘧啶（T）。而經(jīng)修飾的C（5mC/5hmC）則不會被重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化，在測序時保留為C。處理后的DNA后續(xù)通過二代測序檢測甲基化位點(diǎn)。
甲基化位點(diǎn)檢測原理
結(jié)果展示
相關(guān)性分析（左）； 甲基化程度熱力圖（中）； 聚類熱圖（右）
差異位點(diǎn)分布circos（左）； 無監(jiān)督聚類樹狀圖（中）； 富集分析氣泡圖（右）
產(chǎn)品優(yōu)勢
精準(zhǔn)高效
基于全基因組重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的WGBS法，實(shí)現(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點(diǎn)精準(zhǔn)、高效定位。
金標(biāo)準(zhǔn)
精準(zhǔn)獲得全基因組甲基化的C位點(diǎn)，是甲基化測序的金標(biāo)準(zhǔn)；
快速準(zhǔn)確
全面分析不同處理對全基因組甲基化水平的影響，快速準(zhǔn)確地找到差異甲基化區(qū)域。
送樣要求
應(yīng)用方向
應(yīng)用案例
異常甲基化是胰島素瘤中胰島素基因表達(dá)的基礎(chǔ)
發(fā)表雜志：Nature Communications（IF：14.919）； 發(fā)表時間： 2020年 10月； 應(yīng)用技術(shù)：全基因組甲基化測序
人類胰島素瘤是一種罕見良性緩慢增殖，并產(chǎn)生胰島素的β細(xì)胞腫瘤，為研究者理解人類β細(xì)胞再生的途徑提供了分子“路線圖”。此前研究發(fā)現(xiàn)，β細(xì)胞體積增大和功能紊亂疾病——先天性高胰島素血癥，在11號染色體p15.5-p15.4印記區(qū)存在異常的甲基化。本文中，研究者比較了19個人類胰島素瘤和5組正常β細(xì)胞，通過甲基化測序分析，在瘤內(nèi)發(fā)現(xiàn)了一致很高的異常甲基化模式。結(jié)果表明，異常的胰島素（INS）啟動子甲基化和轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)的產(chǎn)生INS表達(dá)的另一種驅(qū)動因素， 用病理的、基于遠(yuǎn)端增強(qiáng)子的轉(zhuǎn)錄調(diào)控形式取代了典型的PDX1 驅(qū)動的β細(xì)胞模式，推測由轉(zhuǎn)錄因子NFaT驅(qū)動INS失活， 而不是典型的PDX1 增強(qiáng)子復(fù)合物。
啟動子DNA甲基化對基因表達(dá)的影響
