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BD Rhapsody單細(xì)胞3'轉(zhuǎn)錄組+膜表面蛋白檢測(cè)
產(chǎn)品簡(jiǎn)介
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序如何進(jìn)行單細(xì)胞的捕獲，是決定單細(xì)胞檢測(cè)成本和通量的關(guān)鍵步驟。高通量單細(xì)胞捕獲目前主流的有兩大策略，一種是以10x Genomics為代表的采用微流控芯片技術(shù)（Microfluidic） ，另一種，就是BD Rhapsody為代表的采用微孔板（Microwell） 技術(shù)。 BD Rhapsody單細(xì)胞分析系統(tǒng)包括BD Rhapsody卡式芯片、 BD Rhapsody上樣臺(tái)、 BD Rhapsody掃描儀三大部分。
BD Rhapsody上樣臺(tái)（左）； BD Rhapsody卡式芯片（中）； BD Rhapsody掃描儀（右）
技術(shù)原理
BD RhapsodyTM 卡式芯片由上萬(wàn)個(gè)微孔組成，主要承擔(dān)樣本以及試劑的添加，在平面卡式芯片上，一個(gè)細(xì)胞與一個(gè)條碼標(biāo)記微球（beads） 依次落入同一個(gè)微孔中，細(xì)胞裂解釋放mRNA并且與磁珠上的引物序列雜交，進(jìn)而完成細(xì)胞的捕獲和mRNA反轉(zhuǎn)錄。磁性回收beads，抓取cDNA進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并測(cè)序。接下來(lái)采用BD RhapsodyTM 單細(xì)胞分析系統(tǒng)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，一次可以獲得100~10,000個(gè)單細(xì)胞的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞水平鑒定和表征細(xì)胞類(lèi)型的目的。
BD Rhapsody 微孔捕獲及標(biāo)記細(xì)胞原理
BD Rhapsody 單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)流程圖
BD Rhapsody 單細(xì)胞表面蛋白檢測(cè)
結(jié)果展示
細(xì)胞分群圖（左）； 蛋白表達(dá)密度分布圖和熱圖分析（右）
Marker 基因聚類(lèi)熱圖（左）； 基因表達(dá)擬時(shí)間分析（右）
產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
超高通量
每個(gè)樣可檢測(cè)100-10,000個(gè)細(xì)胞；
多組學(xué)檢測(cè)
可以同時(shí)實(shí)現(xiàn)靶向mRNA+ 蛋白質(zhì)+ VDJ CDR3的單細(xì)胞多組學(xué)研究；
系統(tǒng)可靠
可利用成像系統(tǒng)對(duì)單細(xì)胞捕獲過(guò)程進(jìn)行質(zhì)控；單細(xì)胞捕獲效率高達(dá)80%，多細(xì)胞比例<1%(1,000個(gè)細(xì)胞中)；
經(jīng)驗(yàn)豐富
百奧醫(yī)藥技術(shù)團(tuán)隊(duì)現(xiàn)已累積100余種不同組織類(lèi)型、數(shù)千余個(gè)樣品的單細(xì)胞測(cè)序經(jīng)驗(yàn)。
送樣要求
應(yīng)用方向
應(yīng)用案例
單細(xì)胞測(cè)序揭示HIV慢性感染MAIT細(xì)胞功能損傷新機(jī)制
Sustained IFN-I stimulation impairs MAIT cell responses to bacteria by inducing IL-10 during chronic HIV-1 infection
發(fā)表雜志：Science Advances （IF: 14.136）； 發(fā)表時(shí)間： 2020年 2月； 應(yīng)用技術(shù)：BD Rhapsody單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序， BD Rhapsody單細(xì)胞表面蛋白檢測(cè)
HIV-1感染者的粘膜相關(guān)恒定T細(xì)胞（MAIT） 會(huì)發(fā)生功能受損，其機(jī)制尚不清楚。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組結(jié)合表面蛋白分析顯示，與健康個(gè)體相比，隨著干擾素（IFN） 刺激基因上調(diào)， HIV-1感染者的外周MAIT細(xì)胞被高度激活。持續(xù)的IFN-α作用，通過(guò)觸發(fā)單核細(xì)胞產(chǎn)生高水平IL-10，抑制了MAIT細(xì)胞對(duì)大腸桿菌刺激的應(yīng)答, 進(jìn)而抑制IL-12（一個(gè)關(guān)鍵的MAIT細(xì)胞活化共刺激細(xì)胞因子）的分泌。阻斷IFN-α或IL-10受體，可以體外阻止HIV-1暴露引起的MAIT細(xì)胞功能障礙。此外，阻斷IL-10受體可顯著改善HIV-1感染者M(jìn)AIT細(xì)胞的抗結(jié)核應(yīng)答。研究發(fā)現(xiàn)證實(shí)了IFN-I/IL-10軸在HIV-1患者M(jìn)AIT細(xì)胞功能障礙中的中心作用，這對(duì)開(kāi)發(fā)針對(duì)HIV-1患者細(xì)菌共感染的抗IFN-I/IL-10策略具有意義。
T細(xì)胞亞群的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄和表面蛋白表達(dá)譜（左）； 基因和蛋白的差異表達(dá)分析（右）
IFN-I信號(hào)與HIV-1感染MAIT細(xì)胞功能障礙的相關(guān)性
