-
16S/18S/ITS rDNA擴增子測序
背景介紹
微生物組是指存在于特定環(huán)境中所有微生物種類及其遺傳信息和功能的集合，微生物組被稱為“人體第二基因組”。特別是腸道菌群對宿主很多重要生理功能的維護和發(fā)揮起著非常重要的作用，這些菌群微生物與人體健康息息相關(guān)，對人體營養(yǎng)物質(zhì)代謝、人體自身發(fā)育、免疫及疾病的產(chǎn)生等方面都起到極其重要的作用。現(xiàn)有的研究表明，健康人的腸道細(xì)菌與某些疾病患者顯著不同，腸道微生物與多種疾病發(fā)病直接相關(guān)，比如癌癥、心血管疾病、神經(jīng)性疾病等。
微生物與人體健康息息相關(guān)
產(chǎn)品簡介
以高通量測序為基本手段的擴增子檢測技術(shù)，為微生物組學(xué)研究的快速發(fā)展起到了極大的推動作用，為與微生物相關(guān)的疾病研究提供了有效的解決方案。利用此技術(shù)可以一次性完成多個樣本的平行測序，對微生物的物種組成、種群結(jié)構(gòu)、進化關(guān)系、功能基因組、差異基因等進行分析。
技術(shù)流程
細(xì)菌 16S rDNA 全長約 1540bp，包含 10 個保守區(qū)和 9 個高變區(qū) (V1-V9)，其中保守區(qū)在細(xì)菌間差別不大，高變區(qū)具有高度特異性，因此可通過對 16S rDNA 全長區(qū)域或某些高變區(qū)域進行測序來分析細(xì)菌群落多樣性，其中基于 16S rDNA 全長序列的分析能鑒定種水平，分類和定量也更準(zhǔn)確。分析服務(wù)平臺分為兩大部分：基本分析和模塊分析。其中模塊分析可根據(jù)需求對要研究的樣品分組，進行物種組成分析、alpha 多樣性分析、beta 多樣性分析和差異分析。
16S rDNA 區(qū)段及全長測序分析流程
結(jié)果展示
OTU花瓣圖（左1）； GraPhlAn進化樹（左2）； 物種組成分析柱狀圖（右1）； 物種/功能聚類熱圖（右2）
Krona物種組成展示（左1）； 基于物種的樣品聚類樹（左2）； LEfSe分析進化分枝圖（右1）； PCA/PCoA聚類圖（右2）
屬水平RDA分析（左1）； 功能基因數(shù)目統(tǒng)計示意圖（左2）； 代謝通路示意圖（右1）； 網(wǎng)絡(luò)互作圖（右2）
送樣要求
應(yīng)用方向
應(yīng)用案例
微生物標(biāo)志物的結(jié)直腸癌早診早篩研究
Identification of microbial markers acrosspopulations in early detection of colorectal cancer
發(fā)表雜志：Nature Communications（IF: 14.919） ； 發(fā)表時間： 2021年 5月； 應(yīng)用技術(shù)： 16S rDNA擴增子測序
腸道微生物群與結(jié)直腸癌（CRC） 之間的關(guān)系已被廣泛研究。然而在多個人群中用于早期腺瘤診斷的可復(fù)制標(biāo)記物仍然是未知的。該研究對1,056份糞便樣本進行了綜合分析，以確定腺瘤相關(guān)的微生物標(biāo)志物，用于早期檢測結(jié)直腸癌。構(gòu)建了隨機森林分類器，由11個區(qū)分腺瘤與對照的標(biāo)記物（ROC曲線下面積（AUC）=0.80） 和26個區(qū)分腺瘤與CRC的標(biāo)記物（AUC=0.89） 組成。此外，在兩個獨立隊列中驗證了分類器的AUC分別為0.78和0.84。從而證明腺瘤特異性標(biāo)志物在多人群中的有效性，有助于CRC的早期診斷和治療。
對照、腺瘤以及癌癥組不同菌群多樣（左）； 利用Biomarker區(qū)分腺瘤與對照或癌癥（右）
