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全轉(zhuǎn)錄組測序
產(chǎn)品簡介
轉(zhuǎn)錄組測序是通過高通量測序技術(shù)全面快速的獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息，包括編碼RNA和非編碼RNA，結(jié)合生物信息技術(shù)獲得RNA的表達(dá)和調(diào)控信息，檢測多種RNA的表達(dá)和變化，同時建立不同類型的非編碼RNA與mRNA之間的調(diào)控關(guān)系，探索RNA之間的相互作用，構(gòu)建潛在的RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，系統(tǒng)的揭示生物現(xiàn)象背后RNA世界的轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律。
技術(shù)路線圖
結(jié)果展示
基因表達(dá)量小提琴圖（左）； 樣本相關(guān)性圖（中）； 差異表達(dá)基因火山圖（右）
差異基因在染色體上的分布圖（左）； 差異表達(dá)模式聚類圖（中）； circRNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖（右）
送樣要求
應(yīng)用方向
應(yīng)用案例
全轉(zhuǎn)錄組測序識別與膽管癌相關(guān)的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄組特征
Whole-transcriptome sequencing identifies key differentially expressed mRNAs, miRNAs, lncRNAs, and circRNAs associated with CHOL
發(fā)表雜志：Therapy-Nucleic Acids（IF： 8.886） ； 發(fā)表時間： 2020年 9月； 應(yīng)用技術(shù)： 全轉(zhuǎn)錄組測序
為了系統(tǒng)地評估膽管癌（CHOL） 的全轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)，以進(jìn)一步了解該癌癥的轉(zhuǎn)錄組學(xué)特征和分子機(jī)制，本研究對8例CHOL患者的腫瘤（C） 和相應(yīng)的非腫瘤鄰近腫瘤（CP） 進(jìn)行了全轉(zhuǎn)錄組測序。與對照組相比，CHOL樣本中總共發(fā)現(xiàn)了2,895個差異表達(dá)的mRNA， 56個差異表達(dá)的microRNA， 151個差異表達(dá)的lncRNA和110個差異表達(dá)的circRNA。對與miRNA、 lncRNA和circRNA相關(guān)的差異表達(dá)基因的富集分析也鑒定了剪接體的功能。下調(diào)的hsa-miR-144-3p在競爭性內(nèi)源性RNA（ceRNA） 復(fù)合體網(wǎng)絡(luò)中顯著富集，其中還包括7個上調(diào)和13個下調(diào)的circRNAs、 7個上調(diào)的lncRNAs、 90個上調(diào)和40個下調(diào)的mRNAs。
研究路線圖（左）； KEGG 通路富集的氣泡圖（右）
lncRNA-miRNA-mRNA互作網(wǎng)絡(luò)（左）； 競爭性內(nèi)源性RNA(ceRNA)網(wǎng)絡(luò)（右）
